L'assemblage du premier génome de référence de l'igname blanche (Dioscorea rotundata, 405 Mb) a permis de lever le voile sur les mécanismes génétiques régissant la sexualité de cette plante vivrière majeure.
Ce qu'il faut retenir de cette étude :
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Un système de détermination sexuelle ZW : L'analyse génomique par QTL-seq a démontré que chez D. rotundata, le sexe est contrôlé par un système hétérogamétique où les individus femelles sont ZW et les individus mâles sont ZZ.
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Localisation de la SDR : La région déterminant le sexe (SDR) a été cartographiée de manière ultra-précise sur le chromosome 11.
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Développement du marqueur sp11 : La caractérisation de cette région a directement conduit à la création d'un marqueur moléculaire diagnostique, spécifique aux pieds femelles.
Pourquoi cette découverte est essentielle : En permettant d'identifier le sexe des plantes dès le stade plantule via un simple test ADN au laboratoire, l'outil sp11 élimine le besoin d'attendre la floraison au champ. Cette avancée simplifie la gestion des pépinières, sécurise le choix des géniteurs et accélère significativement les programmes de sélection et d'amélioration variétale.
Tamiru, M., Natsume, S., Takagi, H., Uemura, A., Terauchi, R., & Matsumoto, R. (2017). Genome sequencing of the staple food crop white Guinea yam enables the development of a molecular marker for sex determination. BMC Biology, 15(1), 86. https://doi.org/10.1186/s12915-017-0419-x
Cette figure apporte la preuve visuelle de la localisation du locus sexuel chez Dioscorea rotundata. Après la présentation photographique des inflorescences mâle et femelle dans la Figure 4a, le graphique QTL-seq de la Figure 4b compare les pools génomiques : le signal Δ(SNP-index) révèle un pic unique et très significatif au début du chromosome 11, isolant la région SDR au sein du génome. Enfin, le schéma de la Figure 4c détaille l'héritabilité du locus selon un système ZW et montre le positionnement du marqueur diagnostique sp1, associé à la région spécifique aux femelles.